La Escuela de Economía Pública y Sectores Estratégicos (EEPSE) del IAEN tiene como misión formar, capacitar y brindar educación continua a los servidores públicos y ciudadanía en general; también, investigar y realizar procesos de vinculación con la sociedad en los campos del conocimiento relacionados a: economía pública, economía social y solidaria, administración tributaria, evaluación de políticas públicas, y, gestión de las finanzas públicas. Todo esto con un enfoque en políticas públicas, política económica y sustentabilidad ambiental e intergeneracional.